V procesu delovanja sežigalnice medicinskih odpadkov lahko pride do napak, ki jih lahko odpravimo pravočasno, preden lahko zagotovimo nadaljnjo uporabo. Določene razlike bodo v načinu obravnave različnih okvar, zlasti pri današnji opremi, ki ima več funkcij, zato moramo biti pri odpravljanju napak zelo previdni.
Neuspeh medicinske sežigalnice je v glavnem razdeljen na dva vidika, eden je neuspeh postopka, drugi pa okvara opreme. Kar zadeva procesne napake, vključno z nezaznavanjem plamenov, se lahko v tem primeru praviloma pojavi v fazi manjših požarov, razlogov za nezaznavanje plamenov pa je veliko, kar so lahko puščanja v cevovodu za utekočinjen plin.
Če oprema odpove, bo vpletenih veliko vidikov, vključno z odpovedjo diferenčnega tlaka, odpovedjo ventilatorja in odpovedjo programa, vsako napako pa bo treba obravnavati na drugačen način. Pravilno razumeti vzroke neuspehov in znati poiskati strokovno osebje za njihovo odpravo, tako da lahko ne le dosežete dobre rezultate zdravljenja, temveč tudi hitro rešite te težave.
Ko medicinska sežigalnica odpove, moramo pravilno razumeti vzrok odpovedi in znati poiskati primerne metode zdravljenja, da bomo imeli več zaščite za celotno uporabo. Ko pride do okvare opreme, se lahko resno posvetimo vzrokom teh specifičnih okvar, potem bo naslednja obdelava lažja, če obdelave ne moremo dokončati, moramo poiskati strokovno osebje.